[测焦] PANGOLin的8月更新 (2/?)
前文见
https://t.cn/A6Owk6kU
BA.2.86 (21L, “鹿蹄草/Pirola”)
本月PANGO委员会外加UShER演化树分析系统的老师们估计都还在放假，积压了一堆排队中的议题(issue)，结果就出大事了，这下把休假中的大佬们全部炸出来了，各种资深潜水员纷纷冒泡。一款与BA.2差异程度(divergence)达到52的毒株(BA.2/B.1.1.529.2到理论上的O株共祖B.1.1.529的Divergence“也就”30，而BA.2/B.1.1.529.2到更早的祖先B.1.1的Divergence为63)不仅走快速通道得到了BA.2.86(B.1.1.529.2.86)的命名，同时也得到了神秘草台班子给予的Pirola的绰号(同时包含π和ρ的谐音用来内涵不干人事的WHO)，甚至就连在火星用IE上网的WHO也火速颁发了VUM(监控中的毒株，距离得到希腊字母还有两个等级)。目前这款毒株已经得到公开的序列一共9条，再加上已经有废水检测到的，以及已知的跨国旅行史，涉及四个大洲9个国家。
对于它究竟是BA.2的直系后代，还是某个O株共祖未被发现的某个后代的跃迁分支(如果真是这种情况会被叫做“BA.6.1”)，或者干脆是两者的重组，其实还是有一定争议的，毕竟它的变异成分里头除了包含BA.2大部分骨架(缺乏大部分BA.2分支含有的ORF1a:L3201F/C9866T的BA.2，缺乏该突变的BA.2分支除了南非只在带嘤和杈国流行过)以外，还包括了BA.4/5的一些定义突变(在一些未调试/干预过的演化树上更靠近BA.4/5的分岔，不过这些突变可以用“趋同演化”来解释)，以及一些BA.1独有的突变(比如ORF1a:A2710T/G8393A)，但是目前的相关测序太少而且“年代久远”，姑且就这么叫它BA.2.86了。当然如果未来发现了与它并行的分支，很可能会像处理B.1.1.529那样改称为BA.2.86.1到BA.2.86.x。
另外考虑到它极高的刺突蛋白(S)基因突变与非刺突蛋白基因突变比例，有大佬提出过这可能是另一次人畜共患溢出/回溢事件。
它相对于BA.2的具体突变如下：
ORF1a:A211D(C897A), ORF1a:V1056L(G3431T), ORF1a:N2526S(A7842G), ORF1a:A2710T(G8393A), ORF1a:V3593F(G11042T), ORF1a:T4175I(C12789T),
S:ins16_MPLF(ins21608_TCATGCCGCTGT),
S:R21T(G21624C),
S:S50L(C21711T),
S:HV69-70Δ(TACATG21765-21770Δ),
S:V127F(G21941T),
S:Y144Δ(TAT21992-21994Δ),
S:F157S(T22032C, C22033A),
S:R158G(A22034G),
S:NL211-212I(AATLTA22193-22198ATA),
S:L216F(C22208T),
S:H245N(C22295A),
S:A264D(C22353A),
S:I332V(A22556G),
S:G339H(G22577C, G22578A),
S:K356T(A22629C),
S:R403K(G22770A),
S:V445H(G22895C, T22896A),
S:G446S(G22898A),
S:N450D(A22910G),
S:L452W(C22916T, T22917G),
S:N460K(T22942A),
S:N481K(T23005A),
S:V483Δ(GT23009-23010Δ),
S:E484K(G23012A, C23013A_rev),
S:F486P(T23018C, T23019C),
S:R493Q_rev(G23040A_rev),
S:E554K(G23222A),
S:A570V(C23271T),
S:P621S(C23423T),
S:P681R(C23604G),
S:S939F(C24378T),
S:P1143L(C24990T),
M:D3H(G26529C), M:T30A(A26610G), M:A104V(C26833T), M:Q229K(C28958A),
nt:C8293T, nt:T13339C, nt:T15756A, nt:A18492G, nt:C21622T, nt:C25207T, nt:C26681T
其中刺突蛋白(S)基因中氨基酸改变有30多个，首先就是信号肽结束后的一段4个氨基酸的插入，据焦友们的老熟人，“废水一哥”Marc Johnson老师分析这段插入来自ORF1ab基因，nsp_13_310-314内的TCATGCCGCTGT这一碱基片段(见 图1)。益生菌19作为冕状病毒的当红炸子鸡，这种衔尾蛇般自我重组的看家本领那叫一个手拿把攥。至于这个插入突变具体能造成什么效果目前尚不得而知，但是氨基端结构域的删除/插入改变通常能够造成相当可观的免疫逃逸，此前还有极个别例子能够提升hACE2受体结合亲和力。
S:R21T此前出现在个别Delta分支上，与之相比S:S50L以及S:V127F就相当罕见了，具体作用不明。
接下来的S:HV69-70Δ删除突变就是传说中的S基因脱靶(SGTF)突变，这个突变在大流行以来伴随着毒王的更替也呈现出一定的周期性，于是一些机构利用这个本来会使检测假阴性的突变周期出现的特性，用于快速筛查某个毒株，比如目前的XBB*绝大多数不包含该SGTF，那么检测到这个玩意的话说不定就会是BA.2.86(但是不能排除仍在低位流行的BA.5的可能)。
S:Y144Δ(TAT21992-21994Δ)这个应该很熟悉了，XBB*也带有该删除突变，经过认证的免疫逃逸，个别版本的“小阶位”。
S:F157S可能是导致最早只有一条序列的时候被误认为BA.2.38分支的原因之一，不过更常见的是从Iota (B.1.526)拆分出来的B.1.637。不过这个位点上更常见的是BA.2.75上携带的S:F157L(也是目前XBB*家族的热门的趋同之一，XBB在重组的时候丢掉了这个突变，现在又纷纷捡起来了)，而在Delta上该位点则是删除掉的。S:R158G则是跟Delta和一系列Deltacron趋同。
S:NL211-212I(AATLTA22193-22198ATA)则是与BA.1或者更早的A.29趋同，这个区域经常会有插入(比如BA.1带的ins214EPE)或者删除(比如I210Δ)出现
S:L216F此前在个别Alpha，Delta的分支和XBB.1.6上出现过。
S:H245N，比较熟悉的就有BA.2.3.20，它的后代CM*系列以及CM*的后代FV*仍在顽固的流行。
S:A264D，极其罕见(大流行期间只测得100多次)，但是出现在近期刚被命名的，仍在台湾省流行的BN.1.3.13上。S:I332V，同样等级的罕见。
S:G339H，与XBB*趋同。S:K356T，属于主流XBB*缺失的热门阶位，会产生屏蔽抗原表位的糖基化(glycan)修饰
S:R403K，免疫逃逸与hACE2受体结合亲和力双增，下一个版本答案候选。
S:V445H，S:G446S，S:N450D，S:L452W，S:N460K都是经典阶位，其中V445H极其罕见，而450、452位点都是主流XBB*所缺乏的。
S:N481K可能会带来一定的适应性提升，而S:V483Δ删除突变在Bloom老师的计算器中会降低hACE2受体结合亲和力，换取一些免疫逃逸。
S:E484K，曾经不少毒王都带的突变(Beta, Gamma, Zeta, Eta, Iota以及B.1.619, B.1.626等)，不考虑其它突变的综合因素的话，单个突变具备提升毒性的能力，并有可能大幅改变与hACE2受体的互动，造成某些伴随动物重新变得易感。
S:F486P，这个跟目前主流的XBB*趋同，是大家耳熟能详的“史诗级”双增突变；S:R493Q_rev回复突变，跟目前主流的XBB*趋同，提升受体结合亲和力但是免疫逃逸会受到一定影响。
S:E554K，热门趋同；S:A570V，不太常见，此前主要出现在大漂亮流行的B.1.2的个别分支上；S:P621S，热门趋同。
S:P681R，经典的全面增幅，虽然在O株上其增强酶切效率的作用被S:N679K与S:P681H的组合所顶替，但是有部分研究表明在O株骨架上弄出S:P681R仍然能造成病毒载量的可观提升。
S:S939F，近期散发出现，被认为可能在一定程度上改变HR1构象，至于会不会重新解锁入肺通路仍有待研究。
S:P1143L，常见的突变，被认为有助于进一步改善入胞效率。
这一水的突变里头有至少3个是被认为能增强毒性的，更有至少8个免疫逃逸基础阶位，当然它的综合能力具体如何，目前哪怕是最顶尖的研究者都还处在盲人摸象的阶段。接下来它要么成为像BA.1/2那样颠覆XBB*统治的存在(快速椁酆)；要么和XBB*共流行(尚未出现过的多血清型共流行)；要么成为BA.2.75那样从未制霸过全球，但是后代遍天下(目前仍有BN*、CH*甚至CJ*系列在流行)，更是成为新毒王(XBB)的供体之一的存在；要么成为像XBC一样的地方一霸；要么成为像XAY*、CM*(FV*)这样顽固而小众的毒株；要么根本流行不起来(从各种预测以及目前所知的广泛分布情况来看，这个可能性是比较小的)。
绰号Pirola来自小行星1082，后者取自“鹿蹄草(pyrola)”。
#AnythingButCovid##新冠变种扩散跟踪##CovidDiversity##好日子在后头呢#
前文见
https://t.cn/A6Owk6kU
BA.2.86 (21L, “鹿蹄草/Pirola”)
本月PANGO委员会外加UShER演化树分析系统的老师们估计都还在放假，积压了一堆排队中的议题(issue)，结果就出大事了，这下把休假中的大佬们全部炸出来了，各种资深潜水员纷纷冒泡。一款与BA.2差异程度(divergence)达到52的毒株(BA.2/B.1.1.529.2到理论上的O株共祖B.1.1.529的Divergence“也就”30，而BA.2/B.1.1.529.2到更早的祖先B.1.1的Divergence为63)不仅走快速通道得到了BA.2.86(B.1.1.529.2.86)的命名，同时也得到了神秘草台班子给予的Pirola的绰号(同时包含π和ρ的谐音用来内涵不干人事的WHO)，甚至就连在火星用IE上网的WHO也火速颁发了VUM(监控中的毒株，距离得到希腊字母还有两个等级)。目前这款毒株已经得到公开的序列一共9条，再加上已经有废水检测到的，以及已知的跨国旅行史，涉及四个大洲9个国家。
对于它究竟是BA.2的直系后代，还是某个O株共祖未被发现的某个后代的跃迁分支(如果真是这种情况会被叫做“BA.6.1”)，或者干脆是两者的重组，其实还是有一定争议的，毕竟它的变异成分里头除了包含BA.2大部分骨架(缺乏大部分BA.2分支含有的ORF1a:L3201F/C9866T的BA.2，缺乏该突变的BA.2分支除了南非只在带嘤和杈国流行过)以外，还包括了BA.4/5的一些定义突变(在一些未调试/干预过的演化树上更靠近BA.4/5的分岔，不过这些突变可以用“趋同演化”来解释)，以及一些BA.1独有的突变(比如ORF1a:A2710T/G8393A)，但是目前的相关测序太少而且“年代久远”，姑且就这么叫它BA.2.86了。当然如果未来发现了与它并行的分支，很可能会像处理B.1.1.529那样改称为BA.2.86.1到BA.2.86.x。
另外考虑到它极高的刺突蛋白(S)基因突变与非刺突蛋白基因突变比例，有大佬提出过这可能是另一次人畜共患溢出/回溢事件。
它相对于BA.2的具体突变如下：
ORF1a:A211D(C897A), ORF1a:V1056L(G3431T), ORF1a:N2526S(A7842G), ORF1a:A2710T(G8393A), ORF1a:V3593F(G11042T), ORF1a:T4175I(C12789T),
S:ins16_MPLF(ins21608_TCATGCCGCTGT),
S:R21T(G21624C),
S:S50L(C21711T),
S:HV69-70Δ(TACATG21765-21770Δ),
S:V127F(G21941T),
S:Y144Δ(TAT21992-21994Δ),
S:F157S(T22032C, C22033A),
S:R158G(A22034G),
S:NL211-212I(AATLTA22193-22198ATA),
S:L216F(C22208T),
S:H245N(C22295A),
S:A264D(C22353A),
S:I332V(A22556G),
S:G339H(G22577C, G22578A),
S:K356T(A22629C),
S:R403K(G22770A),
S:V445H(G22895C, T22896A),
S:G446S(G22898A),
S:N450D(A22910G),
S:L452W(C22916T, T22917G),
S:N460K(T22942A),
S:N481K(T23005A),
S:V483Δ(GT23009-23010Δ),
S:E484K(G23012A, C23013A_rev),
S:F486P(T23018C, T23019C),
S:R493Q_rev(G23040A_rev),
S:E554K(G23222A),
S:A570V(C23271T),
S:P621S(C23423T),
S:P681R(C23604G),
S:S939F(C24378T),
S:P1143L(C24990T),
M:D3H(G26529C), M:T30A(A26610G), M:A104V(C26833T), M:Q229K(C28958A),
nt:C8293T, nt:T13339C, nt:T15756A, nt:A18492G, nt:C21622T, nt:C25207T, nt:C26681T
其中刺突蛋白(S)基因中氨基酸改变有30多个，首先就是信号肽结束后的一段4个氨基酸的插入，据焦友们的老熟人，“废水一哥”Marc Johnson老师分析这段插入来自ORF1ab基因，nsp_13_310-314内的TCATGCCGCTGT这一碱基片段(见 图1)。益生菌19作为冕状病毒的当红炸子鸡，这种衔尾蛇般自我重组的看家本领那叫一个手拿把攥。至于这个插入突变具体能造成什么效果目前尚不得而知，但是氨基端结构域的删除/插入改变通常能够造成相当可观的免疫逃逸，此前还有极个别例子能够提升hACE2受体结合亲和力。
S:R21T此前出现在个别Delta分支上，与之相比S:S50L以及S:V127F就相当罕见了，具体作用不明。
接下来的S:HV69-70Δ删除突变就是传说中的S基因脱靶(SGTF)突变，这个突变在大流行以来伴随着毒王的更替也呈现出一定的周期性，于是一些机构利用这个本来会使检测假阴性的突变周期出现的特性，用于快速筛查某个毒株，比如目前的XBB*绝大多数不包含该SGTF，那么检测到这个玩意的话说不定就会是BA.2.86(但是不能排除仍在低位流行的BA.5的可能)。
S:Y144Δ(TAT21992-21994Δ)这个应该很熟悉了，XBB*也带有该删除突变，经过认证的免疫逃逸，个别版本的“小阶位”。
S:F157S可能是导致最早只有一条序列的时候被误认为BA.2.38分支的原因之一，不过更常见的是从Iota (B.1.526)拆分出来的B.1.637。不过这个位点上更常见的是BA.2.75上携带的S:F157L(也是目前XBB*家族的热门的趋同之一，XBB在重组的时候丢掉了这个突变，现在又纷纷捡起来了)，而在Delta上该位点则是删除掉的。S:R158G则是跟Delta和一系列Deltacron趋同。
S:NL211-212I(AATLTA22193-22198ATA)则是与BA.1或者更早的A.29趋同，这个区域经常会有插入(比如BA.1带的ins214EPE)或者删除(比如I210Δ)出现
S:L216F此前在个别Alpha，Delta的分支和XBB.1.6上出现过。
S:H245N，比较熟悉的就有BA.2.3.20，它的后代CM*系列以及CM*的后代FV*仍在顽固的流行。
S:A264D，极其罕见(大流行期间只测得100多次)，但是出现在近期刚被命名的，仍在台湾省流行的BN.1.3.13上。S:I332V，同样等级的罕见。
S:G339H，与XBB*趋同。S:K356T，属于主流XBB*缺失的热门阶位，会产生屏蔽抗原表位的糖基化(glycan)修饰
S:R403K，免疫逃逸与hACE2受体结合亲和力双增，下一个版本答案候选。
S:V445H，S:G446S，S:N450D，S:L452W，S:N460K都是经典阶位，其中V445H极其罕见，而450、452位点都是主流XBB*所缺乏的。
S:N481K可能会带来一定的适应性提升，而S:V483Δ删除突变在Bloom老师的计算器中会降低hACE2受体结合亲和力，换取一些免疫逃逸。
S:E484K，曾经不少毒王都带的突变(Beta, Gamma, Zeta, Eta, Iota以及B.1.619, B.1.626等)，不考虑其它突变的综合因素的话，单个突变具备提升毒性的能力，并有可能大幅改变与hACE2受体的互动，造成某些伴随动物重新变得易感。
S:F486P，这个跟目前主流的XBB*趋同，是大家耳熟能详的“史诗级”双增突变；S:R493Q_rev回复突变，跟目前主流的XBB*趋同，提升受体结合亲和力但是免疫逃逸会受到一定影响。
S:E554K，热门趋同；S:A570V，不太常见，此前主要出现在大漂亮流行的B.1.2的个别分支上；S:P621S，热门趋同。
S:P681R，经典的全面增幅，虽然在O株上其增强酶切效率的作用被S:N679K与S:P681H的组合所顶替，但是有部分研究表明在O株骨架上弄出S:P681R仍然能造成病毒载量的可观提升。
S:S939F，近期散发出现，被认为可能在一定程度上改变HR1构象，至于会不会重新解锁入肺通路仍有待研究。
S:P1143L，常见的突变，被认为有助于进一步改善入胞效率。
这一水的突变里头有至少3个是被认为能增强毒性的，更有至少8个免疫逃逸基础阶位，当然它的综合能力具体如何，目前哪怕是最顶尖的研究者都还处在盲人摸象的阶段。接下来它要么成为像BA.1/2那样颠覆XBB*统治的存在(快速椁酆)；要么和XBB*共流行(尚未出现过的多血清型共流行)；要么成为BA.2.75那样从未制霸过全球，但是后代遍天下(目前仍有BN*、CH*甚至CJ*系列在流行)，更是成为新毒王(XBB)的供体之一的存在；要么成为像XBC一样的地方一霸；要么成为像XAY*、CM*(FV*)这样顽固而小众的毒株；要么根本流行不起来(从各种预测以及目前所知的广泛分布情况来看，这个可能性是比较小的)。
绰号Pirola来自小行星1082，后者取自“鹿蹄草(pyrola)”。
#AnythingButCovid##新冠变种扩散跟踪##CovidDiversity##好日子在后头呢#
#罗爷睿评##v光计划##v评智库# 张伟丽战胜莱莫斯一战赚了多少钱？
1、出场费：50万美元；
2、获胜奖金：10万美元；
3、赞助费：4.2万美元；
4、花红（最佳表现奖）：5万美元；
5、PPV分成：60万美元。
总收入合计129万美元，换算成人民币大约939万元。张伟丽不仅收获了荣誉，更是用实力拼得了财富。
比赛结束后，张伟丽那句“我来自中国”更是让人热血沸腾，不愧是中国格斗第一人。
1、出场费：50万美元；
2、获胜奖金：10万美元；
3、赞助费：4.2万美元；
4、花红（最佳表现奖）：5万美元；
5、PPV分成：60万美元。
总收入合计129万美元，换算成人民币大约939万元。张伟丽不仅收获了荣誉，更是用实力拼得了财富。
比赛结束后，张伟丽那句“我来自中国”更是让人热血沸腾，不愧是中国格斗第一人。
抖音今日热文‼《姜清妍顾斯宇》姜清妍顾斯宇（最新全章节）小说全文在线笔趣阁1554v25u15
[给力]书名/主角：《姜清妍顾斯宇》姜清妍顾斯宇
-----↓↓↓公仲呺【爱阅读屋】↓↓↓-----
以下非小说原文：第939章 “这个陶雪！！”姜母的语气充满了愤怒，她气的胸口直起伏，“这哪里是什么营养剂，这是可乐！！” 其实我早就怀疑到了这一点，只是一路上没什么机会拿出来确认一下，刚才又忙着给洛洛明初泡奶，哄他们，所以没来得及。 我完全不理解陶雪的做法，为人父母，都应该是为自己孩子好，显然她有点违背了常理。 姜母本就对陶雪很不满，现在一再地被挑战底线，她已经忍无可忍，拿着瓶子就离开了，我立马快速地给洛洛换了尿不湿，两个小家伙喝完奶就乖乖睡着了，我便赶紧去找姜母。 等我赶到的时候，陶雪的房间里已经一片僵硬的气氛，地上是那个已经空了的瓶子，姜母怒气冲天，将昊昊牵在自己身边，一副防备陶雪的姿态。 而昊昊则是吓得不轻，小脸苍白。 “你为什么要这么做？”姜谌此时的脸色冷若冰霜地质问道。 虽然昊昊不是在他跟前长大的，可是毕竟血浓于水，他对昊昊这个唯一的儿子，自然是发自内心的宠爱，陶雪的做法就是在害孩子。 陶雪看到我来了以后，眼底闪过一抹怨恨，但是很快就换上了自责的模样，“对不起，都是我的错，是我惯坏了孩子，我作为医生，又怎么会不知道那样会伤害到孩子？只是我......”
[给力]书名/主角：《姜清妍顾斯宇》姜清妍顾斯宇
-----↓↓↓公仲呺【爱阅读屋】↓↓↓-----
以下非小说原文：第939章 “这个陶雪！！”姜母的语气充满了愤怒，她气的胸口直起伏，“这哪里是什么营养剂，这是可乐！！” 其实我早就怀疑到了这一点，只是一路上没什么机会拿出来确认一下，刚才又忙着给洛洛明初泡奶，哄他们，所以没来得及。 我完全不理解陶雪的做法，为人父母，都应该是为自己孩子好，显然她有点违背了常理。 姜母本就对陶雪很不满，现在一再地被挑战底线，她已经忍无可忍，拿着瓶子就离开了，我立马快速地给洛洛换了尿不湿，两个小家伙喝完奶就乖乖睡着了，我便赶紧去找姜母。 等我赶到的时候，陶雪的房间里已经一片僵硬的气氛，地上是那个已经空了的瓶子，姜母怒气冲天，将昊昊牵在自己身边，一副防备陶雪的姿态。 而昊昊则是吓得不轻，小脸苍白。 “你为什么要这么做？”姜谌此时的脸色冷若冰霜地质问道。 虽然昊昊不是在他跟前长大的，可是毕竟血浓于水，他对昊昊这个唯一的儿子，自然是发自内心的宠爱，陶雪的做法就是在害孩子。 陶雪看到我来了以后，眼底闪过一抹怨恨，但是很快就换上了自责的模样，“对不起，都是我的错，是我惯坏了孩子，我作为医生，又怎么会不知道那样会伤害到孩子？只是我......”
✋热门推荐